| 1 | |  Viljandi JK Tulevik | 36 | 28 | 5 | 3 | 106 | 38 | 68 | 89 | G17:00 | 06/11/16 | R 36  Viljandi JK Tulevik 6 Lootus 0 G14:00 | 30/10/16 | R 35 Tallinna Kalev 0 Viljandi JK Tulevik 2 B13:00 | 23/10/16 | R 34 Viljandi JK Tulevik 2 Tallinna FC Levadia 2 G19:00 | 13/10/16 | R 33 Maardu Linnameeskond 2 Viljandi JK Tulevik 6 G13:00 | 02/10/16 | R 32 Vandra Jk Vaprus 3 Viljandi JK Tulevik 6 G19:00 | 29/09/16 | R 26 FCI Tallinn U21 2 Viljandi JK Tulevik 3 |
| 2 | |  Tallinna Fc Flora | 36 | 20 | 8 | 8 | 78 | 47 | 31 | 68 | B14:00 | 06/11/16 | R 36 FCI Tallinn U21 3 Tallinna Fc Flora 3 G19:00 | 27/10/16 | R 35 Maardu Linnameeskond 1 Tallinna Fc Flora 3 G13:00 | 23/10/16 | R 34 Tallinna Fc Flora 2 Nomme Kalju Fc 1 B13:00 | 16/10/16 | R 33 Vandra Jk Vaprus 0 Tallinna Fc Flora 0 G17:00 | 30/09/16 | R 32 Tallinna Fc Flora 3 Lootus 1 M13:00 | 25/09/16 | R 31 Tallinna Fc Flora 0 Viljandi JK Tulevik 2 |
| 3 | |  FCI Tallinn U21 | 36 | 18 | 2 | 16 | 98 | 81 | 17 | 56 | B14:00 | 06/11/16 | R 36 FCI Tallinn U21 3 Tallinna Fc Flora 3 M17:00 | 30/10/16 | R 35 Nomme Kalju Fc 4 FCI Tallinn U21 3 B16:00 | 23/10/16 | R 34 FCI Tallinn U21 2 Lootus 2 M13:00 | 15/10/16 | R 33 Tallinna Kalev 3 FCI Tallinn U21 2 M13:00 | 08/10/16 | R 32 FCI Tallinn U21 1 Tallinna FC Levadia 3 M19:00 | 29/09/16 | R 26 FCI Tallinn U21 2 Viljandi JK Tulevik 3 |
| 4 | |  Maardu Linnameeskond | 36 | 16 | 6 | 14 | 83 | 75 | 8 | 54 | G14:00 | 06/11/16 | R 36 Tallinna FC Levadia 2 Maardu Linnameeskond 5 M19:00 | 27/10/16 | R 35 Maardu Linnameeskond 1 Tallinna Fc Flora 3 G13:00 | 23/10/16 | R 34 Vandra Jk Vaprus 2 Maardu Linnameeskond 3 M19:00 | 13/10/16 | R 33 Maardu Linnameeskond 2 Viljandi JK Tulevik 6 M19:00 | 29/09/16 | R 32 Tartu FC Santos 4 Maardu Linnameeskond 0 G13:00 | 25/09/16 | R 31 Maardu Linnameeskond 4 FCI Tallinn U21 2 |
| 5 | |  Tallinna FC Levadia | 36 | 15 | 5 | 16 | 81 | 69 | 12 | 50 | M14:00 | 06/11/16 | R 36 Tallinna FC Levadia 2 Maardu Linnameeskond 5 M14:00 | 30/10/16 | R 35 Tallinna FC Levadia 1 Vandra Jk Vaprus 3 B13:00 | 23/10/16 | R 34 Viljandi JK Tulevik 2 Tallinna FC Levadia 2 M19:00 | 14/10/16 | R 33 Tallinna FC Levadia 1 Tartu FC Santos 3 G13:00 | 08/10/16 | R 32 FCI Tallinn U21 1 Tallinna FC Levadia 3 B19:00 | 22/09/16 | R 31 Tallinna FC Levadia 0 Nomme Kalju Fc 0 |
| 6 | |  Tartu FC Santos | 36 | 16 | 1 | 19 | 63 | 70 | -7 | 49 | M14:00 | 06/11/16 | R 36 Tartu FC Santos 2 Nomme Kalju Fc 3 M13:00 | 29/10/16 | R 35 Lootus 3 Tartu FC Santos 2 G19:00 | 20/10/16 | R 34 Tartu FC Santos 2 Tallinna Kalev 0 G19:00 | 14/10/16 | R 33 Tallinna FC Levadia 1 Tartu FC Santos 3 G19:00 | 29/09/16 | R 32 Tartu FC Santos 4 Maardu Linnameeskond 0 G13:00 | 24/09/16 | R 31 Vandra Jk Vaprus 1 Tartu FC Santos 3 |
| 7 | |  Tallinna Kalev | 36 | 13 | 6 | 17 | 56 | 58 | -2 | 45 | B17:00 | 06/11/16 | R 36 Vandra Jk Vaprus 0 Tallinna Kalev 0 M14:00 | 30/10/16 | R 35 Tallinna Kalev 0 Viljandi JK Tulevik 2 M19:00 | 20/10/16 | R 34 Tartu FC Santos 2 Tallinna Kalev 0 G13:00 | 15/10/16 | R 33 Tallinna Kalev 3 FCI Tallinn U21 2 M13:00 | 02/10/16 | R 32 Nomme Kalju Fc 3 Tallinna Kalev 1 G13:00 | 24/09/16 | R 31 Tallinna Kalev 1 Lootus 0 |
| 8 | |  Nomme Kalju Fc | 36 | 12 | 5 | 19 | 62 | 86 | -24 | 41 | G14:00 | 06/11/16 | R 36 Tartu FC Santos 2 Nomme Kalju Fc 3 G17:00 | 30/10/16 | R 35 Nomme Kalju Fc 4 FCI Tallinn U21 3 M13:00 | 23/10/16 | R 34 Tallinna Fc Flora 2 Nomme Kalju Fc 1 G13:00 | 16/10/16 | R 33 Lootus 1 Nomme Kalju Fc 2 |
| 9 | |  Vandra Jk Vaprus | 36 | 8 | 8 | 20 | 48 | 96 | -48 | 32 | B17:00 | 06/11/16 | R 36 Vandra Jk Vaprus 0 Tallinna Kalev 0 G14:00 | 30/10/16 | R 35 Tallinna FC Levadia 1 Vandra Jk Vaprus 3 M13:00 | 23/10/16 | R 34 Vandra Jk Vaprus 2 Maardu Linnameeskond 3 B13:00 | 16/10/16 | R 33 Vandra Jk Vaprus 0 Tallinna Fc Flora 0 M13:00 | 02/10/16 | R 32 Vandra Jk Vaprus 3 Viljandi JK Tulevik 6 M13:00 | 24/09/16 | R 31 Vandra Jk Vaprus 1 Tartu FC Santos 3 |
| 10 | |  Lootus | 36 | 8 | 6 | 22 | 42 | 97 | -55 | 30 | M17:00 | 06/11/16 | R 36 Viljandi JK Tulevik 6 Lootus 0 G13:00 | 29/10/16 | R 35 Lootus 3 Tartu FC Santos 2 B16:00 | 23/10/16 | R 34 FCI Tallinn U21 2 Lootus 2 M13:00 | 16/10/16 | R 33 Lootus 1 Nomme Kalju Fc 2 M17:00 | 30/09/16 | R 32 Tallinna Fc Flora 3 Lootus 1 M13:00 | 24/09/16 | R 31 Tallinna Kalev 1 Lootus 0 |
